Los órganos están formados por testículos, epidídimo, conducto deferente, glándulas accesorias, escroto y pene en su cubierta. Alteraciones primarias, que consisten en tumores de los testículos o infecciones producidas por especies de Klebsiella son poco frecuentes.
El semental puede sufrir exantema costal que es una infección venérea, producida por virus, y contraída al efectuar el coito con una yegua infectada, se caracteriza por el desarrollo sobre el pene de unas vesículas diminutas, que se rompen y dan lugar a pequeñas úlceras.
Es necesario que el animal permanezca en reposo sexual durante unos diez días, para que se produzca su curación. En caso contrario, las úlceras pueden confluir y dar lugar a un dolor intenso.
Los genitales externos son más propensos a lesiones, debido a que el acto coital es controlado por el hombre y existe el riesgo de que una yegua que no se encuentre en la fase apropiada de celo resista al semental. Las lesiones más frecuentes son los hematomas del pene, aunque pueden aparecer golpes sobre el escroto, produciendo hinchazón, para su recuperación se requiere de períodos prolongados de reposo.
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